El Nuevo CONACYT esta integrado segun el Art.5 del ACUERDO No. 15-0432-A de la siguiente manera  :

a) Un Presidente;

Vice Ministro de Ciencia y Tecnología
Dra. Herlinda Handal Vega

b) Un Consejo Técnico Consultivo;

Ing. Agr. Ms.C. Mario Antonio Orellana
Director de la Escuela de Postgrados y Educación Contínua
Universidad de El Salvador (UES)
Propietario

Ing. Agr. Miguel Rafael Paniagua
Docente del Departamento de Protección Vegetal
Universidad de El Salvador (UES)
Suplente

Dr. Alexander Cruz Reyes
Universidad Salvadoreña Alberto Masferrer (USAM)
Propietario

Lic. Marlin Alberto Reyes Rodas
Universidad Evangélica de El Salvador (UEES)
Suplente

Lic. Walter Antonio Fagoaga López
Instituto Especializado de Profesionales de la Salud de El Salvador (IEPROES)
Propietario

Licda. Camila Calles
Universidad Tecnológica de El Salvador (UTEC)
Suplente

Lic. Edgar Ortíz
Vicepresindente del Comité de Exportaciones
Cámara de Comercio de El Salvador
Propietario

Ing. Abigail Pérez Castro
Gerente General
Cámara de Comercio de El Salvador
Suplente

c) Un Director Ejecutivo;

Ing. Carlos Roberto Ochoa Córdova
Director Ejecutivo
Nuevo CONACYT

d) Los Gerentes de Area, Jefes de las Unidades Operativas Administrativas y de Asesoría y el personal de las Unidades Operativas, Administrativas y de Asesoría