El Nuevo CONACYT esta integrado segun el Art.5 del ACUERDO No. 15-0432-A de la siguiente manera  :

a) Un Presidente;

b) Un Consejo Técnico Consultivo;

c) Un Director Ejecutivo;

d) Los Gerente de Area, Jefes de las Unidades Operativas, Administrativasn y de Asesoría y el personal de las Unidades Operativas, Administrativas y de Asesoría

En donde el Presidente y maxima autoridad de CONACYT, sera el Viceministro de Ciencia y Tecnología