El Nuevo CONACYT esta integrado segun el Art.5 del ACUERDO No. 15-0432-A de la siguiente manera  :

a) Un Presidente;

Vice Ministra de Ciencia y Tecnología
Dra. Erlinda Hándal Vega

b) Un Consejo Técnico Consultivo;

Dr. William Ernesto Mejía Figueroa
Director Nacional de Investigación en Ciencia y Tecnología
Viceministerio de Ciencia y Tecnología – MINED
Propietario

REPRESENTANTES CENTROS DE INVESTIGACIÓN

Lic. Walter Antonio Fagoaga López
Instituto Especializado de Profesionales de la Salud – IEPROES
Propietario

Lic. Camila Calles Minero
Universidad Tecnológica de El Salvador – UTEC
Suplente

REPRESENTANTES INSTITUCIONES D EDUCACIÓN SUPERIOR

Dr. René Alexánder Cruz Reyes
Universidad Salvadoreña Alberto Masferrer – USAM
Propietario

Lic. Marlin Alberto Reyes Rodas
Universidad Evangelica de El Salvador – UEES
Suplente

REPRESENTANTES DE LA UNIVERSIDAD DE EL SALVADOR

Ing. Agr. MsC Mario Antonio Orellana Nuñez
Universidad de El Salvador – UES
Propietario

Ing. Agr. Miguel Rafael Paniagua Cienfuegos
Universidad de El Salvador – UES
Suplente

REPRESENTANTES DE LAS GREMIALES EMPRESARIALES

Ing. Edgar Ortiz
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Propietario

Ing. Andrea Abigail Pérez Casto
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Suplente

c) Un Director Ejecutivo;

Ing. Carlos Roberto Ochoa Córdova
Director Ejecutivo
Nuevo CONACYT

d) Los Gerentes de Area, Jefes de las Unidades Operativas Administrativas y de Asesoría y el personal de las Unidades Operativas, Administrativas y de Asesoría