El CONACYT esta integrado según el Art.5 del ACUERDO No. 15-0432-A de la siguiente manera :
a) Un Presidente;
Vice Ministro de Educación, y de Ciencia y Tecnología Ad-Honorem
Lic. Ricardo Cardona Alvarenga
b) Un Consejo Técnico Consultivo;
Dr. William Ernesto Mejía Figueroa
Director Nacional de Investigación en Ciencia y Tecnología
Viceministerio de Ciencia y Tecnología
Propietario
REPRESENTANTES CENTROS DE INVESTIGACIÓN
Dra. Camila Calles Minero
Universidad Tecnológica de El Salvador – UTEC
Representante Propietario
M. Sc. Aydee Rivera de Parada
Universidad Evangélica de El Salvador – UEES
Representante Suplente
REPRESENTANTES INSTITUCIONES DE EDUCACIÓN SUPERIOR
Dr. Moises Antonio Martínez
Universidad Católica de El Salvador – UNICAES
Representante Propietario
Ing. Carlos Rivas
Universidad José Simeón Cañas – UCA
Representante Suplente
REPRESENTANTES DE LA UNIVERSIDAD DE EL SALVADOR
No designado aún por el Consejo Superior Universitario UES
Representante Propietario
No designado aún por el Consejo Superior Universitario UES
Representante Suplente
REPRESENTANTES DE LAS GREMIALES EMPRESARIALES
Ing. Guillermo Contreras
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Representante Propietario
Lic. Cindy Lizbeth Fernández
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Representante Suplente
Lic. Leticia Escobar
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Representante Propietario
Lic. Jessica González
Cámara de Comercio e Industria de El Salvador – CAMARASAL
Representante Suplente
c) Un Director Ejecutivo;
Ing. Ana Teresa Vargas de Alvarado
Director Ejecutivo
CONACYT
d) Los Gerentes de Area, Jefes de las Unidades Operativas Administrativas y de Asesoría y el personal de las Unidades Operativas, Administrativas y de Asesoría